一、本中心置主任一人，綜理中心各相關業務，置副主任一至二人，協助主任辦理研究中心相關業務，主任及副主任由校長遴選聘請兼任之，任期一年，得連續聘任。得視業務需要增置諮詢委員五至八人，提供顧問與諮詢，委員由中心主任聘任，並依行政程序簽請校長核定之。
二、本中心組織架構：

1.學術研究組：置組長一人，組員若干人，負責撰寫與申請計畫，同時與校內外各海洋事務相關(學術)研究單位進行研究合作。
2.產學合作組：置組長一人，組員若干人，負責拓展產學合作事務，與相關產業進行合作細節與接洽工作。
3.服務推廣組：置組長一人，組員若干人，協助中心對外服務業務之執行及辦理推廣教育訓練。